O anticlericalismo radical do livre-pensamento e laicismo toma raízes. Pretende acabar com o obscurantismo religioso, com a armada dos padres que conquistam almas para Deus e que impedem as novas luzes da modernidade no país. Contamina-se a Igreja com o jansenismo. Não há salvação fora da história. A razão e a ciência substituem a religião. Nesta época, a secularização chegou até ao povo também por intermédio da música e da poesia dita popular. A exploração desta área tem o seu grau de dificuldade porque é difícil a localização da documentação que anda dispersa. O fado anticlerical, nesta época de radicalismo, chegou ao povo e contribuiu também para a secularização da sociedade. Era cantado nas tabernas, feiras e romarias e há várias referências na literatura de cordel de prosadores e repentistas algarvios. A música de fados em voga (quatro décimas e uma quadra a servir de refrão) era aproveitada na propaganda liberal. Ficaram célebres os fados “Progressista”, e o “O Fadinho da Seita Negra” com várias variantes: “Uma Vítima dos Jesuítas”, “Mentindo por Ofício”, “As Irmãs da Caridade”, “As Ordens Religiosas”, “A Mira do Jesuíta”, “Padres Sacristas”, “Congresso Católico”, “Cautela com a Hipocrisia”, “Absurdos do Cristianismo”, “Brado Republicano”, e muitas quadras de poetas repentistas algarvios.

Aproveita-se a promoção dos centenários, sobressaindo os de Camões (1880) e de Pombal (1882), para a construção de uma nova memória coletiva e para se pôr em prática a lição positivista-iluminista. Os festejos em memória do Marquês de Pombal foram organizados em colaboração com a maçonaria, que o considerava ab omni parte beatus. As comissões organizadas no Algarve nem sempre tiveram sucesso. A euforia inicial enfraqueceu, o peditório para os festejos foi fraco e acabaram por se dissolver. Apesar das pressões e insistências, o Bispo demarcou-se do acontecimento, embora tivesse havido, em algumas localidades, pedidos para um Te Deum. A campanha laica foi ativa. O legado antijesuítico de Pombal, a herança anticongreganista do liberalismo e o anticlericalismo de alguns intelectuais sedimentaram a ideia dos malefícios do clero, principalmente o religioso, no mundo do ensino, na assistência e até no religioso. A “questão religiosa” e a “questão social” tomam amplitude e quando surgiu a República os dados estavam na mesa.

Com o avanço da Liberdade o conflito agudiza-se. De um lado as Luzes e do outro as Trevas, o Dogma, a Religião e até o próprio Deus. Para distinguir o Bem do Mal não é precisa a religião. Esta torna-se racional. Mas os mentores iluminados acabam por fundar uma nova religião: o Deísmo com uma moral racional. O sacerdote laico é propagandista e mação, jornalista, panfletário, escritor e livre-pensador. Isto é, leva na braçada vária papelada com novas “luzes” para acordar a sociedade adormecida. Estava também em mira a recuperação da “memória” do Marquês de Pombal (nacionalização dos bens da Igreja, sobretudo das Ordens Religiosas, secularização no ensino, antijesuitismo e poder espiritual submetido ao poder régio).

Os partidos para se manterem no governo tiveram de ser anti, especialmente anticlericais. O cristianismo começa a ser contestado no plano institucional, o clero torna-se persona non grata para os grupos extremistas e radicais e pretende-se destruir a hegemonia cultural da Igreja. Há assaltos a igrejas, desacatos, insultos, apedrejamentos, e a autoridade nada faz para se encontrar os delinquentes (v. g. Almancil, 1839; Luz de Tavira, 1882; Querença, 1884; Ferragudo, 1886). Facto curioso. Aconteceram também alguns conflitos com as autoridades locais e a maior parte deles dizem respeito a honrarias e precedências nas procissões. Esta confusão de poderes é derivada da educação e de atitudes mentais já acentuadas no século XIV.